浙江医药股份有限公司下属的技术中心，1998年被省经贸委认定为浙江省首批省级企业技术中心，2007年10月被国家发改委等五部委联合授予国家级企业技术中心，2002年被国家人事部授予国家级博士后科研工作站，2012年12月浙江医药企业研究院被浙江省人民政府列为重点企业研究院。技术力量雄厚，具有独立承担重大科研项目的研发能力。

公司目前是国内脂溶性维生素、抗耐药抗生素、氟喹诺酮类抗生素产品的主要生产基地之一，在脂溶性维生素及制品、抗耐药抗生素、氟喹诺酮类抗生素以及糖苷酶抑制剂类糖尿病药物等研发、生产及市场开拓上具备一定的优势，有较强的国际竞争力。

公司高度重视原创性研究和具有自主知识产权的技术创新，在维生素产品领域建立了绿色制造和活性成份的微囊化两个技术平台，在药品领域建立了药物粉体工程学和药物合成生物学两个应用研究平台，已搭建起植物内生菌活性物质筛选、天然药物活性成分筛选、“ME-BETTER”新药筛选三个创新药筛选平台。

近年来，为进一步加快新产品的研发和上市步伐，公司加强了与外部制药公司和研发机构的合作。2012年，从台湾太景生物科技股份有限公司及太景生物医药研发（北京）有限公司获得了创新药无氟喹诺酮“苹果酸奈诺沙星”在中国境内的专利独占许可，其口服与注射制剂分别于2016及2020年上市。2013年，与美国AMBRX Inc.签署了《合作开发和许可协议》，双方将合作研发并商业化Her2-ADC产品，该产品是运用革命性技术的新一代单抗偶联物，用于治疗HER2阳性晚期乳腺癌和胃癌等，属于创新生物技术药物。公司于2017年启动ARX788单药治疗HER2阳性晚期乳腺癌的I期临床研究，该临床研究已达到研究终点，仍有部分受试者持续接受后续治疗；2020年进入ARX788治疗HER2阳性局部晚期或转移性乳腺癌的II/III期临床研究，该临床研究正在复旦大学附属肿瘤医院等86家中心同时开展。公司于2019年启动ARX788治疗HER2阳性晚期转移性胃癌及胃食管连接部腺癌患者的I期临床研究，该临床研究在中山大学肿瘤防治中心等5家临床中心同时开展，目前该试验已完成。2021年进入ARX788治疗HER2阳性晚期转移性胃癌及胃食管连接部腺癌的II/III期临床研究，该临床研究正在中山大学肿瘤防治中心等105家中心同时开展。

截至2022年12月，公司累计申请发明专利686项，授权有效发明专利296项，其中授权有效国际专利100项。