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1997年5月16日，经浙江省人民政府证券委员会浙证委[1997]57号文件批准，由原浙江新昌制药股份有限公司、浙江仙居药业集团股份有限公司和浙江省医药有限公司合并组建成立浙江医药股份有限公司。
1999年8月11日，经中国证监会证监发行字[1999]99号文核准，浙江医药首次向社会公众公开发行人民币普通股5,800万股。1999年10月21日在上海证券交易所挂牌交易，股票简称为“浙江医药”，股票代码“600216”。
公司股票上市后，在政府各级部门的大力支持下，对企业内部资源进行了全面整合，通过股权转让、资产重组和对外投资清理等市场手段，有效地解决了由于跨地区联合后，各地方政府之间存在的税收、财政等矛盾以及企业内部一些不利于企业发展的问题，初步建立起规范的法人治理结构和现代化企业制度，公司进入新的发展轨道。
2001年，天然“天然d-α-维生素E工艺技术”项目获2000年度国家科技进步二等奖；2001年10月，高新技术产品VH国内首家上市；2002年9月，袍江维生素厂一期项目顺利投产，合成VE产品达到万吨产能；同年，维生素Ａ、β胡萝卜素完成试生产；公司脂溶性维生素产品日趋丰富完善。
2003年，公司管理层顺利完成新老交替，为公司发展作出重大贡献的老一代领导人金彪同志主动辞去董事长之职，李春波同志接任浙江医药股份有限公司董事长，在推行“三高二低一结合”的发展战略、全面提升核心竞争力进程中，公司持续、稳定、健康发展。
2005年，公司凭借雄厚的技术积累和研发能力，成为国内首家使用发酵法生产辅酶Q10的生产企业。